很多人将不良反应作为副作用的同义词，其实两者含义不尽相同。
药品的副作用，也叫副反应，是指药品按正常剂量服用时，所出现的与用药目的无关的其他作用。其本身也是药理作用的一部分。例如，阿托品具有解除胃肠道肌肉组织痉挛的作用，同时也具有扩大瞳孔的作用;当病人服用阿托品治疗胃肠道疼痛时，容易产生视物不清的副作用。一般说来，副作用比较轻微，停药后通常可以很快消退。
药品不良反应的定义则为：药品在正常用法用量的情况下，出现与用药目的无关或意外的有害反应。所以，药品不良反应除了包括药品的副作用(副反应)，还包括药品的毒性作用(毒性反应)、过敏反应、后遗效应、依赖性、致畸、致癌和致突变等。药物引致的毒性反应所造成的持续性功能障碍或器质性病变，停药后恢复较慢，甚至终身不愈。如链霉素、庆大霉素等具有耳毒性，可引致第八对颅神经损害，造成听力减退或永久性耳聋。药物引致的过敏反应一般发生率较低，但都比较严重，如青霉素的过敏反应等。
