并不是所有胃病病人都能吃抑酸药来治疗胃病的，通常是胃食管反流病、消化性溃疡、慢性浅表性胃炎伴糜烂、胃泌素瘤（卓—艾氏综合征）和功能性消化不良的上腹痛综合征等才可使用；而且，这些疾病的发生和发展，都与胃酸分泌脱不了干系，所以又要较长期地应用抑酸药。
但是，有一些消化病不宜用抑酸药治疗，如慢性萎缩性胃体胃炎。因为这种胃炎“与众不同”，其胃黏膜分泌胃酸的腺体被破坏减少，胃酸分泌减少或缺如，病人会出现消化不良、贫血和消瘦等症状。若长期应用抑酸药，胃酸会更少，结果还加重了病情。另外，还有功能性消化不良的餐后不适综合征（常表现为餐后饱胀不适和早饱），因为这只是胃蠕动减弱的问题，跟胃酸分泌没有关系，所以也不宜用抑酸药，用些吗丁啉等胃动力药治疗就可以了。
